Tiếp nối thành công của Season 1, Free SS2 tiếp tục xoay quanh Haruka Nanase, cậu học sinh lớp 11 có tình yêu vô hạn với nước. Cậu khát khao được trầm mình trong nước, lắng nghe dòng chảy xung quanh mình khi bơi mà không quan tâm đến chuyện thắng thua, kỉ lục. Tình yêu đơn thuần với nước đó lại càng nảy nở khi năm cuối tiểu học, Haruka chiến thắng giải bơi tiếp sức cùng những người bạn thân của mình Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki và Rin Matsuoka. Người ta gọi cậu là thần đồng và cậu biết điều đó sẽ chỉ tồn tại cho đến khi cậu tròn 20 tuổi. Đó là lúc tất cả thần đồng đều trở nên bình thường.
