Trong một lần đi chơi với bạn gái Mori Ran, thám tử trung học Kudo Shinichi vô tình phát hiện giao dịch mờ ám của những người đàn ông mặc áo đen và lần theo dấu vết. Nhưng anh bất ngờ bị chúng tấn công và ép uống chất độc APTX 4869 khiến cơ thể bị teo nhỏ thành học sinh tiểu học. Với sự trợ giúp của Tiến sĩ Agasa và thân phận mới – Shinichi trở thành Edogawa Conan, ở nhờ nhà của thám tử Mori Kogoro. Conan bắt đầu điều tra tung tích của Tổ chức Áo Đen và bị cuốn vào những vụ án ly kỳ.