NieR:Automata Ver1.1a kể về các android 2B, 9S và A2 trong cuộc chiến chống lại sự tàn phá của những cỗ máy mạnh mẽ. Nhân loại đã bị đẩy ra khỏi Trái Đất bởi những sinh vật máy móc từ thế giới khác. Trong nỗ lực cuối cùng để cứu lấy hành tinh này, con người đã tạo ra một lực lượng lính android để tiêu diệt những kẻ xâm lược. Giờ đây, một cuộc chiến giữa máy móc và người máy đang diễn ra ác liệt.