Godzilla x Kong: Đế Chế Mới kể về những câu chuyện phong phú về Godzilla và Kong, làm sáng tỏ những trận chiến cổ đại đã hình thành sự tồn tại của họ và mối liên hệ của họ với loài người. Phim này, được thiết lập để khám phá sâu hơn về lịch sử và nguồn gốc của những Titan huyền thoại này, theo chân Godzilla và Kong khi họ liên minh chống lại một mối đe dọa khổng lồ, chưa từng được khám phá, ẩn náu trong Trái Đất Rỗng, được biết đến với tên gọi Skar King.