Điệp Viên Siêu Lầy kể về Jason Jones, hay còn gọi là JJ (Dave Bautista) một điệp viên CIA dày dạn kinh nghiệm. Trong một lần thực địa, JJ bị cô bé 9 tuổi Sophie (Chloe Coleman) phát hiện và uy hiếp anh phải gia sư môn điệp viên cho mình nếu không muốn cả thế giới biết thân phận thực sự của anh. Mắc kẹt bên cô học trò lắm mưu nhiều mẹo, JJ dần phát hiện ra Sophie thực sự có tố chất và năng khiếu bẩm sinh cho việc trở thành điệp viên.