Blue Archive The Animation kể về thành phố Kivotos khổng lồ được tạo thành từ hàng ngàn học viện lớn nhỏ. Tại đây, những vụ xô xát dẫn đến nhiều cuộc đấu súng nảy lửa giữa các nữ học sinh đã từ lâu trở thành một phần của cuộc sống thường ngày. Cùng lúc đó tại Abydos, có một ngôi trường trung học đang đứng trước nguy cơ bị đóng cửa vĩnh viễn. Câu chuyện bắt đầu với việc 5 cô học sinh thuộc Câu Lạc Bộ Điều Tra Liên Bang gặp gỡ 1 người lớn được biết đến với danh xưng Sensei trong lúc họ đang cố gắng tìm kiếm giải pháp giải quyết các sự cố xung quanh Kivotos.