Saint Seiya: Knights Of The Zodiac vẫn sẽ là trận chiến của cậu bé mồ côi tên Seiya, khi cậu phát hiện ra thân phận thật sự của mình là một Thánh Sĩ có nhiệm vụ bảo vệ cho sự hồi sinh của Athena, nữ thần của trí tuệ và chiến tranh.
Trong thời cổ đại, một nhóm người đã thể trung thành với Athena, nữ thần của trí tuệ và chiến tranh. Trong hiện tại, một cậu bé mồ côi tên Seiya sẽ cùng những người bạn của mình trở thành thế hệ mới và giúp Athena chống lại những thế lực muốn chấm dứt sự tồn tại của loài người.