Ngôi Trường Bí Ẩn kể về một ngôi trường nội trú nằm giữa một khu rừng hẻo lánh. Ba năm một lần, trường chọn những học sinh mới đáp ứng các tiêu chí của họ, mỗi thế hệ bao gồm không quá mười ba học sinh. Các sinh viên dành tổng cộng ba năm tại trường. Ngôi trường nhằm thu hút những sinh viên giàu có với chương trình giảng dạy độc đáo và tất cả những tiện nghi như ở nhà. Tuy nhiên, Home School có vẻ giống một nhà tù hơn là một trường học với những quy tắc nghiêm ngặt và sự cô lập hoàn toàn.