Đội Thiếu Niên Siêu Đẳng kể về về Kim Bong Seok, Jang Hee Soo và Lee Gang Hoon học cùng trường trung học. Họ trông giống như những học sinh bình thường, nhưng họ có những khả năng đặc biệt mà họ thừa hưởng từ cha mẹ. Kim Bong Seok (Lee Jung Ha) có khả năng bay. Jang Hee Soo (Go Youn Jung) có khả năng thể thao tuyệt vời và anh ấy có thể nhanh chóng hồi phục sau chấn thương, chẳng hạn như bị bắn hoặc bị đâm. Lee Gang Hoon (Kim Do Hoon) có sức mạnh và tốc độ phi thường. Ba học sinh này cố gắng che giấu khả năng đặc biệt của mình với người khác, trong khi cha mẹ của họ đấu tranh để bảo vệ họ khỏi bị người khác lợi dụng.