Điệp Vụ Tokyo kể về nhân vật Macy (Trần Tuệ Lâm) đang vô cùng thất vọng vì chồng của mình là Ken không xuất hiện trong ngày cưới của cả hai tại Las Vegas. Sau khi trở về căn hộ của Ken nhưng không tìm thấy anh, Macy đã gặp John (Trịnh Y Kiện) và cả hai bắt đầu hành trình đến Nhật để tìm Ken sau khi đụng độ các thành viên của băng đảng Ito khét tiếng cũng đang truy lùng tung tích của Ken. Với sự giúp sức của John cùng điều tra viên Lin từ đây Macy bắt đầu hành trình tìm kiếm phu quân của mình xuyên suốt từ Tokyo cho đến Las Vegas và Hồng Kông.